日本では古墳時代に古墳の副葬品として馬具が見られることからこの頃に乗馬文化が導入され、軍事的利用される馬の育成は日本列島の各地へ広まり、特に東国において分布が拡大する。ヤマト王権では推古朝の頃には馬を管理する官職が存在しており、畿内の有力豪族により馬産が行われていた。地方においても在地首長による乗用馬の生産が行われ、律令制下には中央への貢馬が行われるようになった。
勅旨牧は、奈良時代後期に牧の管理を請け負ってきた兵部省から分離独立する形で、新たに設定されるようになったと考えられている。この時期には令制国やそこに設置された牧（御厩）からの馬の貢馬が滞りがちとなり、更に太政官において軍権を握った最高責任者の藤原仲麻呂が乱を起こす（恵美押勝の乱）など、天皇を守るための直轄の軍備の必要性が唱えられた時期であった。このために当初は天皇直属の厩を管理していた内厩寮の下に置かれていた。
『延喜式』によれば、勅旨牧は信濃（16ヶ所）甲斐（穂坂牧、真衣野牧、柏前牧の3ヶ所）上野（9ヶ所）武蔵（石川牧小川牧由比牧立野牧の4ヶ所）の計4ヶ国に設置され、前2ヶ国は左馬寮、後2ヶ国は右馬寮の管轄下であった。なお、承平年間には武蔵国で2ヶ所（阿久原牧、小野牧）が増設されている。なお、追加された2牧は宇多院陽成院の所持していた牧が勅旨牧に編入されたと言われている。特に宇多院は信濃武蔵両国を分国として国司の任免権にも関与していたと言われているために、勅旨牧の経営に何らかの関与したとする見方もある。