大部分属於意识层次的“自我”则存於原始需求与道德及伦理信念之间，以此平衡。健康的自我具适应现实的能力，以涵纳我与超我的方式，与外在世界互动。
认為心智并非具单一与同质性之物的立论，仍深远的影响著心理学领域以外的人们。佛洛伊德极為关注心智这三部分之间的动态关係，特别是三者间產生冲突的方式。
这三个系统错综复杂，交互作用，从而產生各种行為和思想。我要求自我满足其慾望，超我则要求自我将慾望压抑下去，自我则调和两方面，依照现实环境，採取适当措施。
佛洛伊德认為自我為解决超我与我之间產生的冲突，会使用心理防卫机制。使用这个机制需要“爱慾”（eros）─此為希腊爱神之名；罗马神话则名為丘比特（cupid）。
若适当使用，防御机制可减缓超我与我间之冲突，但过度或过当使用，而不正视面对冲突，则会造成焦虑或產生罪疚（guilt），最终将导致如抑鬱沮丧的精神失衡。
佛洛伊德之女安娜佛洛伊德，在防御机制领域的研究相当杰出，但她将首开防御机制先河的荣耀归於其父。
防御机制有以下数种：否认，反应结构，转移，压抑及抑制，投射，理智化，合理化，补偿，昇华，及退化情感。
「否认」為避免去意识到对自我產生威胁的不快事实或现实。例如学生接到表现不佳的成绩单，而对自己说成绩并不重要─有早期研究者辩称，佛洛伊德的「否认」，与尼采归為奴隶或畜群道德的「愤懣」和「价值的再价值化」等概念，相似性极高。
「反应结构」為意识性的採取某种与潜意识的慾望完全相反的进向。例如某人强烈仇视某一种族，宣称其理由為该种族低下卑微，但潜意识而言，是其人感觉自身低下卑微才有此说。
「转移」為情绪从危险物转向安全物。例如击打枕头，以避免攻击某人。
「压抑」為下意识的将极度痛苦的经验（如战争创伤），强制驱离意识层次；「抑制」则為有意识的进行同样工作。
「投射」是将基上属自身一部份某种不快的思绪、动机、慾望、或情感，投射到他人或他物身上。例如一个吝嗇的人会说别人爱斤斤计较，而一个不愿承认自己满脑子想著性的人可能愈容易对别人成天想著性的样子感到愤怒。
「合理化」為在情感上让自我脱离压力事件。合理化通常不透过接受现实，而经由合理化解释来进行自我脱离。
「理智化」為透过建构逻辑的正当性来作出某个决定，而此决定最初的形成原因，来自完全不同於合理化的其他精神状态。例如甲為了听自我成长课程而购买p3播放机，但却怕真正的理由无法被人苟同，而告诉友人是為了听古典摇滚才购买播放机。
「补偿」乃因无法达成某种行為，而代之以另一种行為。例如第一个小孩很会读书，第二个小孩可能常逗父母开心来博取注意。
「昇华」是将冲动导引至社会认同的行為上。如以黑暗阴沉之诗描写人生的女诗人爱蜜莉狄金森，其创作活动即為一例。
「退化情感」指行為回朔到较幼年期（较早发展阶段）中的愉悦及满足的行為，藉此平衡心理冲突。其常见的例子包括咬指甲、吸姆指、过度进食、易怒与小孩腔调。